ffmpeg

Конвертим файлы в MPEG-TS (делается довольно быстро):

ffmpeg -i MOV1.mp4 -acodec copy -vcodec copy -vbsf h264_mp4toannexb -f mpegts mov1.ts

Склеиваем файлы

ffmpeg -i "concat:mov1.ts|mov2.ts" -vcodec copy -acodec copy output.mp4